Fodor Pál teljes publikációs jegyzéke a Magyar Tudományos Művek Tárában.
Kiemelt publikációi
Magyarország és a török hódítás. Argumentum, Bp., 1991. 181.
In Quest of the Golden Apple. Imperial Ideology, Politics, and Military Administration in the Ottoman Empire. Isis, Istanbul, 2000. 304. [Analecta Isisiana, 45.]
Ottomans, Hungarians, and Habsburgs in Central Europe. The Military Confines in the Era of Ottoman Conquest. Ed. by Géza Dávid and Pál Fodor. Brill, Leiden, Boston, Köln, 2000. XXVII + 335. [The Ottoman Empire and Its Heritage. Politics, Society and Economy. Ed. by Suraiya Faroqhi and Halil İnalcık. Vol. 20.]
A szultán és az aranyalma. Tanulmányok az oszmán-török történelemről. Balassi Kiadó, Bp., 2001. 405.
„Az ország ügye mindenek előtt való”. A szultáni tanács Magyarországra vonatkozó rendeletei (1544–1545, 1552). MTA Történettudományi Intézete, Bp., 2005. LXXXI + 757. [História könyvtár. Okmánytárak, 1.] [Társszerző: Dávid Géza.]
Vállalkozásra kényszerítve. Az oszmán pénzügyigazgatás és hatalmi elit változásai a 16–17. század fordulóján. MTA Történettudományi Intézete–Magyar–Török Baráti Társaság, Bp., 2006. 371. [História könyvtár. Monográfiák, 21.]
„Ez az ügy fölöttébb fontos”. A szultáni tanács Magyarországra vonatkozó rendeletei (1559–1560, 1564–1565). MTA Történettudományi Intézete, Bp., 2009. XV + 383. [História könyvtár. Okmánytárak, 6.] [Társszerző: Dávid Géza.]
Ottoman Warfare, 1300–1453. In: The Cambridge History of Turkey. Volume I. Byzantium to Turkey, 1071–1453. Ed. by Kate Fleet. Cambridge University Press, Cambridge, 2009. 192–226.
Szülejmán Szultántól Jókai Mórig. Tanulmányok az oszmán–török hatalom szerkezetéről és a magyar–török érintkezésekről. (Magyar történelmi emlékek. Értekezések.) MTA BTK, Bp., 2014. 448.
The Unbearable Weight of Empire. The Ottomans in Central Europe – A Failed Attempt at Universal Monarchy (1390–1566). RCH HAS, Bp., 2015.
Magyarság és bölcsészettudomány - Beszédek, esszék, interjúk, megemlékezések, vallomások (2011-2020). Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Bp., 2020. 268.
Turbék - Szulejmán Szultán szigetvári Türbevárosa a 16-17. századi oszmán-török forrásokban. Bölcsészettudományi Kutatóközpont, Bp., 2020. 176.